Desde el siglo XIX, debido a la Guerras de la Convención con Inglaterra, y a las Guerras Carlistas, en que desapareció prácticamente la Flota matriculada en Plentzia, los marinos plentziarras, enrolados en buques de otros puertos, estuvieron presentes especialmente en el comercio con Andalucía, Inglaterra, Caribe y Filipinas.

Todos los aspectos de la navegación los regía la Cofradía de Mareantes de Plentzia, denominada de San Pedro, que también agrupaba a los marinos de Barrika, Sopela, Lemoiz y Gorliz. Sus ordenanzas más antiguas son de 1524. La Cofradía se extinguió en 1870.

Fue la Cofradía quien impulsó la Escuela Náutica de Plentzia, que funcionaba de tiempo inmemorial y existió hasta 1933. También en el siglo XX desaparecieron la Aduana, el Juzgado Comarcal y la Ayudantía de la Marina.

Debido a la excelente calidad y cantidad de la madera de sus bosques, la existencia de astilleros se conoce desde los inicios de la Villa, en el lugar donde actualmente se halla la plaza así denominada, tal y como aparece en el grabado de Delmas de mediados del siglo XIX. Los astilleros desaparecieron tras la Segunda Guerra Carlista, en el último tercio mismo siglo.

Decisiva en el desarrollo marino ha sido la ría, que fue cantada por el poeta Ramón de Basterra, y de cuyo trazado se exhiben varios planos en el museo. Los problemas de calado agravados por la construcción de los diques exteriores a principios del siglo XX, el encauzamiento de la ría y la carretera del Sanatorio Marino, han menguado y variado el antiguo perfil topográfico.